慢性咽炎的病因有多方面，綜合起來分為以下三類：
外界因素：生活地域氣候寒冷、干燥，工作環境空氣被粉塵、化學氣體污染，煙酒、辛辣飲食長期刺激，都易得慢性咽炎。
局部因素：急性咽炎反復發作，可轉為慢性。鄰近器官疾病，如慢性扁桃體炎、牙跟炎、齲齒、慢性鼻炎、慢性鼻窦炎等炎性分泌物流入咽部，或慢性鼻病造成鼻通氣困難而用口呼吸；以及咽部長期受刺激而呈慢性炎症改變。
全身因素：長期生活不規律；疲勞、精神緊張，使身體抵抗力下降；細菌和病毒容易反復感染。過敏體質的人對外界環境、氣候的改變過度敏感，容易感冒，引起咽炎。
