咽痛是咽炎的常見症狀之一，但非咽炎所獨有，許多其他疾病也會出現咽痛。咽部的疼痛感覺神經纖維來源於舌咽神經、三叉神經、副神經和迷走神經。這些神經的分支末梢在咽部縱橫交織，並分布到其他鄰近器官，這些部位受任何因素刺激都可通過神經反射而引起咽痛。可引起咽痛的疾病包括以下三類：咽部疾病引起的咽痛：各種咽部粘膜的感染性炎症刺激和壓迫痛覺神經末梢，導致咽痛。常見疾病如急、慢性咽炎，急、慢性扁桃體炎，疱疹性咽炎，舌扁桃體炎，扁桃體周圍膿腫，咽旁和咽後膿腫，急性會厭炎，咽結核等。急性炎症咽痛明顯，慢性炎症則咽痛較輕，或無咽痛。另外，咽部的非感染性因素，如異物、外傷、腫瘤潰爛、莖突過長、舌咽神經痛、咽肌風濕性病變及粘膜過敏反應等，也會引起咽痛。鄰近器官疾病引起的咽痛：屬於反射性咽痛。口腔牙齒、牙龈的炎症，鼻炎、鼻窦炎，喉部炎症、結核，頸部動脈鞘炎，纖維組織炎，淋巴結炎，甲狀腺炎，頸椎病，食管炎、食管上段異物等，均可引起不同程度的咽痛。全身性疾病引起的咽痛：在一些全身性疾病中，咽痛為其局部症狀之一，常見病有單核細胞增多症、粒細胞白血病、急性白血病等血液病，流感、流腦、麻疹、猩紅熱、傷寒等傳染病，風濕病，痛風等。有些婦女在月經前3-4天內也可出現咽痛或灼熱感，這與雌激素水平過高有關。
