扁桃體能對付侵入機體的各種微生物，起到抗病作用，被稱為人體的“健康衛士”，是病原微生物進入人體的第一道防線。所以，非到不得已，應該保留扁桃體。但一些情況下，扁桃體的炎症已經形成不可逆的炎症，稱為病灶，特別是有各種並發症，如腎炎、風濕性關節炎、風濕性關節炎、風濕熱、心肌病、長期低熱等，帶來了較大的負面影響，保留扁桃體已經是弊大於利了，就不得不將其摘除。
在下述情況時，應該選擇手術切除扁桃體：
由於扁桃體經常發炎（一年平均3次以上），影響了呼吸、發音、吞咽等；或引起睡眠呼吸暫停綜合征（因扁桃體肥大堵塞引起呼吸不暢，睡眠時舌根後墜更加重咽部堵塞，引起打鼾、憋氣，甚至呼吸暫停）；或是兒童因扁桃體經常發炎而明顯影響身體發育。
扁桃體雖不經常發炎，但每次發病都與風濕性關節炎、心髒病及腎炎有密切關系。
扁桃體上長有良性腫瘤時，需要一並切除腫瘤所在的一側扁桃體，或考慮扁桃體惡性腫瘤需要活檢時，也可沿被膜摘除一側扁桃體。
慢性扁桃體炎是耳鼻喉常見病、多發病之一，而且常見於青少年，雖說是小毛病，但“蟻穴雖小，潰堤千裡”，不能掉以輕心，固守己見。