治療慢性鼻窦炎最有效的方法是鍛煉身體，提高身體抵抗力，預防感冒，積極治療急性鼻窦炎。同時對有全身慢性病者，要輔以適當的治療。
一旦確診患了慢性鼻窦炎，其治療也應隨之跟上。主要應從根除病因、保證鼻窦開口引流通暢、控制感染和預防並發症入手。根據病變程度的不同，選擇的方法也不一樣。大體上來講，治療可以分為非手術療法和手術療法。
非手術療法如果讓病人在療法之間做選擇的話，可以說絕大多數病人都會選擇非手術方法。非手術療法主要有以下幾種：
(1)鼻腔局部用藥：1%麻黃素生理鹽水滴鼻液是價格低廉、應用廣泛的一種滴鼻劑，它可以減輕鼻窦粘膜腫脹，開口通暢，使鼻窦內的膿液更容易流出來。一般每日使用3 -4次，每次每側鼻腔1-3滴。滴鼻劑應注意體位。一般多采用仰臥垂頭位，鼻孔朝上。不要緊捏雙側鼻孔用力擤，這樣會將鼻涕經咽骨管壓向中耳，從而引起中耳炎。也可將抗生素或激素加入麻黃素滴鼻液中，增加其抗感染、抗過敏的作用，這一類鼻腔減充血劑用久了，可能會導致藥物性鼻炎，所以用藥時間一般不要超過7天。兒童用藥濃度一定要相應減低。
(2)口服藥：口服抗生素應以細菌培養和藥物敏感實驗為依據，用藥時間一般為4-6周。如果伴有過敏情況，也可以加服一些抗過敏藥，一些中成藥對慢性鼻窦炎的治療效果也不錯，如鼻淵舒、鼻窦炎口服液等，可以配合抗生素應用。
(3)正負壓置換法：適合於慢性全組界窦炎，是一個簡單有效的方法。治療時，病人平臥於治療床上，肩下墊一小枕，頭後仰下垂。先將 1%麻黃素生理鹽水滴入鼻腔以充分收縮鼻腔，開放鼻窦口，然後將吸引管外接一個橄榄頭插入一側前鼻孔，捏緊對前側鼻孔，開動吸引器，病人連續發間斷的“開一開一開—……”音鼻腔鼻窦內的膿液就會被吸出，鼻窦內變負壓。再將抗生素藥滴人鼻腔，藥液就會進人鼻窦。如此反復多次，就會把鼻窦內的膿涕排出而置換進去藥液，達到治療的目的。一般每日1次，10日一療程。
(4)上颌窦穿刺沖洗：用一特制穿刺針從下鼻道刺入上颌窦，抽出膿液後，以生理鹽水進行沖洗至膿液排淨，然後再注入抗生素藥液。此法僅適合於上颌窦炎。
手術療法如果成年人經非手術療法系統治療8周(兒童12周)以上，病情仍無好轉或CT顯示鼻腔鼻窦有不可逆病變，則考慮手術療法。
術前常規行CT鼻窦攝片，可以清楚地顯示病變累及哪幾個鼻窦，窦口有無阻塞，鼻腔內的結構是否異常等。結合病史、檢查及鼻窦CT的改變，鼻科醫師會決定該病人是否需要手術治療。
內窺鏡下的鼻腔、鼻窦手術目前已被廣大鼻科醫師所采用。借助於內窺鏡，醫師可以在直視下手術，從而達到去除病變組織，保留正常結構的目的。
鼻內噴霧劑：一般有三種，第一種是含有Sodium Cromoglycate之噴劑，對預防較有效，但對已發作時的效果較差。第二種是擬交感神經制劑，對鼻塞較有效。第三種是含類固醇制劑，因對鼻內局部治療且效果佳、副作用少，所以成為許多人喜愛用的噴劑。不過要提醒的就是需要在醫囑下使用，切莫自行長期使用，因為有可能會造成藥物性鼻炎。
（5）. 鼻內注射法：此乃是在鼻腔內直接注射類固醇制劑，因效果好、持續時間長且不會造成全身性的副作用，所以有多人喜愛接受此療法。
（6）. 電燒或冷凍療法：這是針對腫脹之下鼻甲，施以電燒灼或用液態氮來使其萎縮。
（7）. 減敏療法：這是在測出過敏原之情況下以微量稀釋之過敏原溶液逐量長期注射，以達到人體能對此抗原產生耐受性的方法，不過此法因要病人長期配合且效果介於50-70%之間，所以許多病人炎症狀緩解。針灸治療亦有一定效果，常用穴位為印堂、合谷，亦可取迎香和鼻穿，針後常感呼吸通暢，故必須持續治療，每日或隔日一次，10次為一個療程。
