藥物治療可以使急性鼻窦炎完全治愈，對於慢性鼻窦炎和復發性鼻窦炎，可使其症狀緩解，減少發作次數，同時單純的藥物治療無效或藥物治療有效，但停藥後症狀又復出現也可作為診斷依據之一。此外，是圍手術期治療的重要措施。
(1)抗生素類：正常情況下鼻窦是一個相對無菌的環境，但慢性鼻窦炎時常伴葡萄球菌屬、G一桿菌、厭氧菌，以及真菌感染，並引起反復的急性發作。慢性鼻窦炎急性發作時抗生素的選擇可參照Poole( Poole MD, 1992）提出的標准，如能作細菌培養及藥敏試驗則最理想，鼻內鏡下直接取粘膿分泌物培養較穿刺沖洗獲取膿液的結果精確。口服或靜脈給藥以及是否聯合用藥，有賴於病情的嚴重程度及藥敏結果決定。
對於手術後常規應用抗生素和類固醇激素不能控制粘膜炎症包括變應性炎症的患者，以及鼻膿性分泌物多，而非手術不到位的患者，我們的經驗是長期低劑量口服大環內醋類藥物，如利君沙、羅紅霉素等，相當於常規用藥的1/3量，每天服一次，1個月開始見效，3一6個月，70％的患者獲滿意效果，現在最新的研究是十四元環大環內酯類藥物對抑制慢性炎症更有效，如克拉霉素。
(2)皮質類固醇激素
1)全身應用皮質類固醇激素：皮質類固醇激素的分泌周期是清晨最低，故宜在早晨一次給足劑量，以便模仿形成氫化可的松的生理晝夜節律。潑尼松的推薦劑量是圍手術期每日30mg，最大劑量為每日每公斤體重1 mg，連續使用1周。也可用相應劑量的地塞米松。
2）局部使用類固醇激素：慢性鼻窦炎多與變應性因素有關，局部應用可使鼻息肉縮小、術後可減輕術腔粘膜水腫、防止上皮脫落、縮短愈合過程，並能降低息肉的復發。局部治療的優點是：藥物直接作用於靶器官，副作用很小。
(3)減充血劑：局部減充血劑可應用於慢性鼻窦炎的急性發作，療程為3一5天，最常使用的局部藥物為1％麻黃素生理鹽水，0.05%鹽酸羟甲唑啉滴鼻或噴入鼻內，每日數次，以改善鼻腔通氣，促進鼻窦引流。應予強調的是，滴鼻淨（又名“鼻眼淨”）應禁止使用，本品易導致藥物性鼻炎，使鼻塞加重或不可逆。
(4)其他：抗組織胺制劑、白三烯拮抗劑、阿司匹林脫敏治療（用於阿司匹林不耐受）以及中藥治療等。