兒童急性鼻窦炎以保守治療為主，無論有無並發症，都應積極給予足量有效的抗生素或磺胺類藥物；局部用藥以通氣引流為主，可用0.5%～1%麻黃素生理鹽水噴鼻或滴鼻，年幼兒童禁用滴鼻淨以防止損傷鼻粘膜上皮的纖毛，而引起藥物性鼻炎；也可行局部熱敷及鼻腔蒸氣吸入。一部分小兒的急性鼻窦炎可隨原發病的痊愈而自行消散。
兒童慢性鼻窦炎的治療可采用多種方法進行。鼻內可滴用血管收縮劑，有變態反應因素者，可以全身應用抗變態反應藥物。6歲以上兒童的慢性鼻窦炎可作負壓置換療法。對慢性鼻窦炎而有腭扁桃體肥大者，則應早期行扁桃體切除術並連同腺樣體一並刮除。對遷延不愈的小兒鼻窦炎，在嚴格掌握適應症的情況下，可考慮施行鼻中隔矯正術、下鼻道鼻內開窗術或鼻息肉切除術。上颌窦穿刺沖洗術及沖洗後向窦內注入抗菌藥物，是治療小兒慢性上颌窦炎久治不愈的有效方法。但此法使用時應操作慎重，以免發生意外，穿刺應在全麻下進行。為了避免反復施行全麻及反復穿刺，可在第一次穿刺獲膿後，施行上颌窦塑料管留置沖洗，即從穿刺針芯中置入一細塑料管，以膠布固定於頰部，每日沖洗2～3次，塑料管一般留置5～7天，若無膿性分泌物後即行拔管。
兒童鼻窦炎無並發症時，不要輕易施行手術治療。可在上述治療方法的基礎上配合中藥、針灸、理療等方法促使其康復。要提高機體抵抗力，加強鍛煉，保證營養，不偏食、多吃水果和疏菜；衣著要適度，既要避免受風寒，又不要穿戴過厚。
