變態反應性鼻窦炎的治療原則一般有三個步驟：
(1)避免致敏原：有效地避免致敏原是治療的最好方法，如對室內塵土敏感者，要力求陳設簡單，居室內除必要的生活用品外，其他東西應盡量不要存在。室內經常通風，保持室內空氣清潔干燥，臥室不要有地毯、書櫃等，對一些帶有化學刺激性物質也不要存放，窗簾、被褥要常洗常曬，床塵中有大量螨蟲，注意清除，被褥、枕墊等以新棉為好，避免應用皮毛薄絨、絲綢、鴨絨、木棉等制品。糧食中也有螨蟲存在，因此臥室中避免存放糧食，因螨蟲喜愛溫暖潮濕的環境，因此室內應保持干燥，室內溫度不宜過高。
對有食物過敏的病人，應絕對禁止進食過敏食品，如有的人對牛奶過敏就不要喝牛奶，甚至一切奶制品都不要用，有的人對豆類敏感，連豆芽菜吃後都有反應，就應絕對禁食，很多人對海魚蝦蟹過敏均應避免進食。
(2)減敏方法：包括特異脫敏治療和特異性療法。
特異性脫敏治療的目的：①提高機體對致敏體的耐受力，緩解症狀；②防止病情發展，此種治療方法療程較長，一般需要1-3年才能見效，有些患者難以堅持。
非特異性脫敏治療：致敏原難以明確或特異性脫敏無效的情況，采取非特異性脫敏治療，即采用藥物和支持療法幫助病人解決問題。
(3)手術治療：如經上述各種療法鼻部未見明顯好轉者，可行鼻甲電灼、冷凍、微波、激光等手術治療，如有鼻中隔彎曲者應行矯正手術，鼻息肉者應行鼻內窺鏡手術改善鼻腔生理功能，鼻窦內有繼發感染者；經一般療法無效者亦應進行手術治療，對扁桃體，增殖體有切除適應證者也應先行病灶切除。
以上除了病因治療外，還可以通過改善機體免疫狀態，提高健康水平或清除變態反應性疾病的清理效應起到防治的作用。
