鼻窦炎常有額部或全頭部疼痛和頭痛。頭痛的特點呈典型周期性，晨起後2-3小時開始感覺頭痛，逐漸加重，中午到達頂峰，午後緩解，晚間睡眠時頭痛完全消失，故有“日間頭痛”之稱。這種頭痛的周期性與額窦的鼻額管解剖部位有關。當早晨起床後，頭呈直位，窦內分泌物羁留於其下部，使鼻額管更加阻塞，窦腔幾乎成真空，因而發生劇烈頭痛，至中午以後，窦內分泌物逐漸排除，窦腔通氣改善，疼痛緩解，如病變未消除，豎日復出現上述症狀。
鼻窦炎可能為缺血性中風的危險因素，根據在加州進行的北美中風會議上公布的治療，在一小部分診斷為缺血性中風的患者中，12％還被診斷為鼻窦炎。研究人員稱，急性缺血性中風似乎與鼻窦炎有關。研究人員通過病例報告和患者聯系注意到中風和鼻窦炎之間的聯系。為了研究可能的相關型，他們隨訪了244位患者，這些患者在9個月期間因急性缺血性中風住院。
研究人員報道說，經MRI證實，這些患者中29位有鼻窦炎的次要診斷。該組中97％至少有一種已知的中風危險因素，但是這些患者中沒有一例以前曾使用含有苯丙醇胺的藥物治療。入院前不久，29位患者中6位有頭痛、流感、頭部充血或慢性窦疾病。研究人員提醒說，需要進一步的研究確定鼻窦炎和中風之間的關系是否是不依賴其他危險因素。