鼻息肉的診斷並不困難，但需要同下列疾病作鑒別：
（1）出血性壞死性息肉：平時多有鼻出血史，X線檢查上颌窦及篩窦多有“占位性病變”，鼻腔內（多為一側）可見較多暗紅色壞死組織，觸之易出血。有時在後鼻孔及鼻咽部可見到暗紅色或出血性組織。
（2）鼻腔良惡性腫瘤：如纖維血管瘤、內翻性乳頭狀瘤、漿細胞瘤、腺樣囊性癌、嗅神經母細胞瘤、鱗狀細胞癌等，需仔細分辨，行病理檢查以明確診斷。
（3）腦膜膨出或腦膜-腦膨出：篩板有先天性缺損時，腦膜或連同腦組織向鼻腔下墜，酷似息肉，需小心謹慎，尤其在嬰幼兒鼻塞、鼻腔檢查發現“鼻息肉”時，須作前顱窩CT加密掃描，多見有篩板缺損。
（4）脊索瘤：胚胎3~4月時，脊索發展成節段，後逐漸吸收。如偶有殘余，則出生後沿脊柱形成小塊細胞積聚而發展成脊索瘤，自蝶枕部經鼻咽頂而達鼻腔。