咽炎如果治療不及時，或反復發作，可轉為慢性；若感染向上蔓延，波及耳、鼻，可導致急性鼻炎、鼻窦炎，急性中耳炎；向下發展，可侵犯喉、氣管等下呼吸道，引起急性喉炎、氣管炎、支氣管炎及肺炎；若致病菌及毒素侵入血液循環，則可引起全身並發症，如急性腎炎、膿毒血症風濕病等，對身體危害極大。具體危害如下：
1、急性咽炎時，除咽痛外，還可出現發熱、怕冷、頭痛、周身酸痛、食欲差，大便干、口干渴等全身中毒反應。有細菌感染時，血液白細胞數升高。如果咽痛劇烈，影響吞咽，還會造成體內營養、代謝失調。
如果治療不及時，或反復發作，可轉為慢性；若感染向上蔓延，波及耳、鼻，可導致急性鼻炎、鼻窦炎，急性中耳炎；向下發展，可侵犯喉、氣管等下呼吸道，引起急性喉炎、氣管炎、支氣管炎及肺炎；若致病菌及毒素侵入血液循環，則可引起全身並發症，如急性腎炎、膿毒血症、風濕病等，對身體危害極大。
2、慢性咽炎患者經常感到咽部不適，稍一受涼、勞累，或講話多、較長時間沒喝水，便覺咽痛、灼熱加重，咽癢引起陣陣刺激性咳嗽，影響休息。
若是干燥或萎縮性咽炎，則咽干明顯，講話和咽唾液也感費勁，需頻頻飲水濕潤，甚至夜間也需要起床喝幾次水，但也只能暫時緩解症狀，很快就又感咽干；有的人吃飯時需用湯水才能將干硬的食物咽下去。
3、有些病人表現為咽部異物感，常作吭喀和吞咽動作，希望能將異物排除，而這些無效的清嗓動作只能加重原有的不適。於是病人懷疑自己咽部、喉嚨或食管裡長了腫瘤，造成很重的精神負擔和壓抑感。還有的人由於咽部粘膜增厚，影響呼吸的通暢因而睡眠打鼾。
4、炎性分泌物及細菌停留，可發生口臭，不僅影響別人，患者自己也十分苦惱。慢性咽炎導致咽部抵抗力下降，遇氣候冷、熱、干、濕變化時，粘膜的加溫、加濕調節作用減弱，纖毛活動和分解吞噬功能不足，細菌和病毒容易在局部停留繁殖，成為慢性感染病灶。
因此，這些病人很容易感冒，引起咽炎急性發作。咽部的感染炎症波及其它系統，可以並發慢性喉炎、慢性氣管及支氣管炎、腎炎、心髒病等；長期炎性分泌物被咽入胃中，可引起消化不良、食管炎、胃炎、腸炎；毒素吸收可造成頭暈、頭痛、疲乏、精力減退、消瘦、低熱等全身反應。